高雄捷運在營運時間內區分為尖峰時段、中間時段及離峰時段。初期尖峰時段班距為6分鐘，中間及離峰班距為10分鐘，預估至民國99年，紅線尖峰時段為3.5分鐘，中間時段7分鐘，離峰時段10分鐘；橘線尖峰時段為4分鐘，中間時段8分鐘，離峰時段10分鐘。